El SAN se financia a través de la recaudación de tasas aeronáuticas que pagan las líneas aéreas por el uso de servicios; por los derechos de embarque que pagan los pasajeros y por las concesiones aeronáuticas que administra la DGAC. Estos ingresos se reinvierten en el propio Sistema, para el financiamiento e inversiones aeronáuticas de la DGAC y para redituar la inversión efectuada por las empresas privadas en los terminales aéreos, producto de la aplicación de la Política de Concesiones.